TV CARTOON Madagascar: europe’s most wanted mengisahkan petualangan baru dari para pemeran utama, alex, marty, gloria dan melman, serta teman-teman hewan mereka lainnya. Kisah berawal dari alex yang mendapatkan mimpi buruk tentang ia dan teman-temannya yang terdampar di afrika. Alex dan teman-temannya pun akhirnya setuju untuk menyusul para penguin di monte carlo dan meminta mereka untuk membawanya pulang ke new york.
Di monte carlo, para penguin sedang bermain judi dengan kedua simpanse pada film sebelumnya, mason dan phil. Mereka asyik bermain saat tiba-tiba kawanan alex datang dan menyebabkan kerusuhan di hotel de paris. Pihak pengelola hotel pun meminta petugas dari monaco animal control, kapten chantel dubois, untuk mengurus para hewan ini.
Namun tidak menginginkan para hewan ditangkap hidup-hidup, dubois justru menginginkan mereka mati dan mengambil kepala mereka, terutama kepala alex, sebagai tropi pribadi. Namun para hewan, termasuk para penguin, berhasil kabur dari kejaran dubois dan menaiki pesawat mereka untuk pulang.
Perjalanan alex dan kawan-kawannya pun berlanjut dengan berpura-pura menjadi hewan sirkus. Ia mengikuti kawanan gia yang ingin menampilkan sebuah sirkus hebat agar dilirik oleh promotor dan mendapatkan tur amerikanya sendiri. Pada penampilan sirkus pertama yang dilakukan bersama alex dan kawan-kawan, mereka gagal menampilkan pertunjukkan yang baik sehingga para penonton pun marah dan menginginkan uang mereka kembali.
Sejak saat itu, alex pun menjadi penyemangat bagi semua anggota hewan sirkus untuk tetap optimis dan dapat menampilkan pertunjukkan yang lebih baru dan menarik. Hingga akhirnya mereka berhasil dan bersiap untuk tur amerika mereka, saat dubois datang dan memperlihatkan informasi tentang hilangnya alex (yang ternyata hanya hewan di kebun binatang) pada anggota hewan sirkus lainnya.
